Elektroforesis dengan Gel Agarosa

Jika anda sudah mengetahui ukuran  fragmen DNA adalah diantara 0.5 – 25 kb (kilo basa) maka dapat langsung memilih pemurnian DNA dengan teknik Gel Agarosa.
Adapun bahan-bahan yang diperlukan adalah:

- Buffer elektroforesis TAE

-    Larutan Ethidium Bromida

-    Gel Agarosa

-    Loading Buffer

-    Tray  Gel Agarosa

-    Sisir (comb) gel

-    DC power supply

Jika semua bahan sudah siap, langkah selanjutnya adalah

Preparasi Gel Agarosa

1. Pencampuran bubuk agarosa (5 µg/mL) dengan buffer elektroforesis,                       sesuai perbandingan yang dibutuhkan (tabel 1).
2. Pemanasan campuran dengan oven atau autoklaf sambil diaduk sampai terbentuk larutan homogen.
3. Dinginkan hingga mencapai suhu  ± 55 °C.
4. Pasang sisir /comb pada tray.
5. Tuang larutan gel agarosa ke dalam tray elektroforesis, dan biarkan sampai dingin dan gel mengeras.
6. Lepas sisir gel dari tray dengan perlahan hingga terbentuk well / lubang.
7. Tempatkan tray ke dalam perangkat elektroforesis, dan tambahkan buffer elektroforesis pada wadah buffer hingga menutupi permukaan gel             (~ 1mm).

Tabel 1. Konsentrasi Gel Agarosa yang sesuai untuk pemisahan fragmen DNA dengan beragam ukuran

Agarosa (%)	Range Efektif untuk Resolusi Fragmen DNA Linier (kb)
0.5 0.7 1.0 1.2 1.5	30 – 1 12 – 0.8 10 – 0.5 7 – 0.4 3 – 0.2

Preparasi sampel DNA

8. Campurkan 10 µL larutan sampel DNA dengan 2 µL Loading buffer.

Penempatan sampel pada Gel

9. Teteskan sampel DNA hasil preparasi ke dalam well dengan perbandingan volume yang sama untuk masing-masing well. Salah satu well ditetesi dengan penanda ukuran DNA l/HindIII.
10. Elektroforesis dilakukan dengan voltase 1 – 10 V/cm.
11. Matikan power suply ketika migrasi noda berwarna biru (loading buffer) telah mencapai  ¾ bagian gel.
12. Gel hasil elektroforesis dicelupkan dalam larutan Ethidium Bromida selama 10 – 30 menit.
13. Angkat gel agarosa, dan celupkan ke dalam larutan Magnesium Sulfat.
14. Lakukan pengamatan gel agarosa diatas UV transiluminator.

Fotografi Gel Agarosa

15.  Iluminasi gel dengan cahaya UV (>2500 mW/cm²) menggunakan UV transiluminator.

16.  Fotografi menggunakan  kamera Polaroid MP4 menggunakan filter

      oranye, dan filter UV bloking.

Tulisan Berikut Juga Menarik Untuk Dibaca

Kloning

• CLONING GENE xyn ENCODING XYLANASE ENZYMES FROM Geobacillus stearothermophillus IN TO Escherichia coli DH5α
• ISOLASI cDNA DARI ALGA EUKARIOTIK Dunaliella salina STRAIN HPK
• KLONING GEN xyn PENYANDI XILANASE DARI Geobacillus stearothermophillus KE DALAM Escherichia coli DH5α

Biologi Molekular

• Purifikasi DNA Melalui Elektroforesis
• CLONING GENE xyn ENCODING XYLANASE ENZYMES FROM Geobacillus stearothermophillus IN TO Escherichia coli DH5α
• ISOLASI cDNA DARI ALGA EUKARIOTIK Dunaliella salina STRAIN HPK
• KLONING GEN xyn PENYANDI XILANASE DARI Geobacillus stearothermophillus KE DALAM Escherichia coli DH5α

Elektroforesis

• Purifikasi DNA Melalui Elektroforesis