Purifikasi DNA Melalui Elektroforesis

Suatu pekerjaan yang melelahkan dan membutuhkan kesabaran ekstra justru akan meninggalkan kesan tersendiri. Begitupun saat harus menyelesaikan pekerjaanku untuk kloning gen di Laboratorium CBRG (Carbohydrate Bioengginering Research Group) di LIPI (Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia) Bogor. Untuk kali ini saya ingin berbagi pengalaman bagaimana ketika harus purifikasi (memurnikan ) DNA untuk persiapan kloning gen. Salah satu cara yang digunakan adalah Elektroferesis.

Menurut Holde, et. all., (1998) elektroforesis adalah suatu metode yang sering digunakan dalam kloning untuk memisahkan, mengidentifikasi dan memurnikan fragmen DNA atau protein berdasarkan sifat muatan listriknya. Teknik ini sederhana, cepat pelaksanaannya dan bisa memisahkan fragmen DNA yang tidak dapat dipisahkan dengan metode lainnya, seperti konfigurasi gradien densitas (Sambrook & Russel, 2001). Pergerakan DNA pada elektroforesis dipengaruhi oleh muatan makromolekul, atau bentuk dan massanya.

Terdapat dua macam elektroforesis, yaitu eletroforesis vetikal dan elektroforesis horizontal. Elektroforesis vertikal yaitu Poliakrilamida (PAA), digunakan untuk analisis protein. Sedang elektroforesis horizontal menggunakan gel agarosa. Elektroforesis ini digunakan untuk analisis DNA.

Pemilihan agarosa dan PAA berdasarkan pada ukuran fragmen yang akan dipisahkan. Gel PAA lebih efektif untuk memisahkan fragmen DNA yang kecil (5-500 pasang basa). PAA lebih sulit untuk dipersiapkan dan ditangani daripada agarosa. Gel Agarosa memiliki range pemisahan yang luas(Sambrook & Russel, 2001).

Untuk itu, dalam pemilihan tehnik dibutuhkan data yang pasti tentang ukuran DNA yang akan kita murnikan. Untuk mengetahui ukuran DNA, kita bisa lihat hasil data dari NCBI (bisa searching di Google)

Mungkin sekian dulu postingan kali ini. untuk cara kerja maupun tehnik-tehnik nya akan saya posting berikutnya. Semoga bermanfaat, terutama bagi anda yang sedang melakukan penelitian di bidang biologi molekular.

Tulisan Berikut Juga Menarik Untuk Dibaca

Biologi Molekular

• Elektroforesis dengan Gel Agarosa
• CLONING GENE xyn ENCODING XYLANASE ENZYMES FROM Geobacillus stearothermophillus IN TO Escherichia coli DH5α
• ISOLASI cDNA DARI ALGA EUKARIOTIK Dunaliella salina STRAIN HPK
• KLONING GEN xyn PENYANDI XILANASE DARI Geobacillus stearothermophillus KE DALAM Escherichia coli DH5α

Elektroforesis

• Elektroforesis dengan Gel Agarosa

Penelitian

• Berbagi Ilmu Manajemen Pendidikan
• 181 Guru Berpartisipasi dalam Lomba Blog Guru Se Jawa Tengah
• Replacement Gen pdc pada Zymobacter Palmae dengan gen D-ldh dari Geobacillus stearothermophillus
• Akankah Berujung Bahagia?
• CLONING GENE xyn ENCODING XYLANASE ENZYMES FROM Geobacillus stearothermophillus IN TO Escherichia coli DH5α
• ISOLASI cDNA DARI ALGA EUKARIOTIK Dunaliella salina STRAIN HPK
• KLONING GEN xyn PENYANDI XILANASE DARI Geobacillus stearothermophillus KE DALAM Escherichia coli DH5α